PCR實(shí)驗(yàn)室可分為兩個大的功能工作區(qū)域：核酸擴(kuò)增前區(qū)和核酸擴(kuò)增后區(qū)。
核算擴(kuò)增前區(qū)包括試劑準(zhǔn)備間和樣本制備間，這兩個房間各自獨(dú)立，不能出現(xiàn)空氣互通，這兩個房間相對外界氣壓呈正壓狀態(tài)。核酸擴(kuò)增后區(qū)包括擴(kuò)增區(qū)和產(chǎn)物分析區(qū)，使用實(shí)時熒光PCR儀、HIV病毒載量測定儀的PCR實(shí)驗(yàn)室，這兩個區(qū)域可以合并為一個房間。這個區(qū)域如果是分開兩個房間，這兩個房間也必須是各自獨(dú)立，不能出現(xiàn)空氣互通。核算擴(kuò)增后區(qū)對外界氣壓呈負(fù)壓狀態(tài)。
PCR實(shí)驗(yàn)室根據(jù)使用儀器的功能合理設(shè)置各個工作區(qū)域，如采用聚合酶聯(lián)反應(yīng)：則設(shè)置試劑儲存和準(zhǔn)備區(qū)、標(biāo)本制備區(qū)、擴(kuò)增區(qū)、擴(kuò)增產(chǎn)物分析區(qū)四個單獨(dú)的工作區(qū)域，這是最常用的分區(qū)方式。樣品需要粉碎處理的，還需增設(shè)樣品粉碎區(qū)。若使用實(shí)時熒光PCR儀：基因擴(kuò)增區(qū)、基因產(chǎn)物分析區(qū)可以合并在一個房間內(nèi)。采用標(biāo)本處理、核酸提取及擴(kuò)增檢測為一體的全自動化PCR分析儀，則標(biāo)本制備區(qū)、擴(kuò)增區(qū)、擴(kuò)增產(chǎn)物分析區(qū)可合并為一個區(qū)域，因此PCR實(shí)驗(yàn)室原則上設(shè)置五個區(qū)或四個區(qū)或三個區(qū)或二個單獨(dú)的工作區(qū)。
實(shí)驗(yàn)室設(shè)備也是保證工作的不可缺少的配件，在PCR實(shí)驗(yàn)室設(shè)計時，應(yīng)根據(jù)每個實(shí)驗(yàn)室的要求配置不同的儀器設(shè)備等。如：離心機(jī)、生物安全柜、超凈工作臺、加樣器，電泳儀(槽)、電轉(zhuǎn)印儀、雜交爐或雜交箱、水浴箱、DNA測序儀、酶標(biāo)儀和洗板機(jī)等。
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